相比于沪港通，深港通特点就在于交易股票的种类不同和投资额度的限制。对于投资者来说，深港通下的港股通投资者跟沪港通的要求一样，都是限于机构投资者及证券账户、资金账户余额不低于50万元的个人投资者。对于深证的创业板标的，初期香港证监会仅允许香港的机构投资者参与。

深港通与沪港通相比，深股通相比沪股通取消了总额限制。两者均以人民币报价且都采用T+1的交易制度，在交易时间上选取两地共同交易日和上交所交易时间。

沪港通之所以设置每年的交易额度上限，是从避免金融风险的角度考虑的。通过实际运行后发现，这种安排不利于大资金投资者的参与。由于这些大型投资者的资金往往是逐步进入市场的，由于设置总额限制的存在，在即将达到上限时，可能会存在这些投资者的投资决策无法执行的情况，相当于把这些投资者阻挡在了中国资本市场之外，这与我国要引进长期投资者的初衷相悖，也对金融市场的自由发展不利。深港通取消了总限额，消除了大投资者对后续资金进入的顾虑，为国际资金进入国内金融市场扫除了障碍，这将是中国证券市场的一次重大进步，对我国金融开放将产生重大积极意义。
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