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(一)加工贸易深加工结转征收增值税
1.加工贸易深加工结转环节征收增值税。按照《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，加工贸易深加工结转符合增值税“境内销售货物行为”，应按内销规定征税，实行增值税“免、抵、退”政策。同时根据增值税专用发票的使用规定，在结转时，可以按规定开具增值税专用发票，下游加工企业据此作为进项税额的抵扣凭证，从当期的销项税额中抵扣。
深加工结转征税采用“免、抵、退”政策有三个方面的优势：一是“免、抵、退”政策的管理相对比较严密，责任明确，增值税专用发票实行金税工程交叉稽核比对，不会给增值税管理造成新的漏洞；二是企业和税务部门都已经适应，所以实行免抵退税管理的条件已具备。三是深加工结转货物所耗用的国产料件所支付的进项税额可以予以抵扣，有利于鼓励使用国产料件，从另一方面有效降低企业税负，减少因结转环节增收增值税所带来的资金压力。
2.由税务部门负责征收深加工结转环节增值税。由于海关负责征收的进口环节的增值税属于税，而税务部门征收的增值税属于共享税，地方按75：25分享，同理，出口退税也是按照75：25比例来进行返还。如果由海关来进行征收深加工结转环节增值税，那么出口退税对于地方政府的财政压力将相当大，不利于在深加工结转环节开征增值税。所以加工贸易深加工结转过程中缴纳的增值税应由税务部门负责进行征收，同样，也有利于国内采购料件的退税。
(二)加工贸易深加工结转继续免征关税
由于加工贸易深加上结转比照“国内销售行为”，而非传统的内销行为，所以应该继续对结转货物进行关税保税政策，纳入加工贸易手册管理，在结转时不征收关税。在结转货物发生内销行为时或者在规定时间内不能按期出口的，追征关税和缓税利息。
(三)禁止采料加工贸易深加工结转
来料加工贸易是指进u料件由外商提供，进口时不付汇，制成品由外商销售，经营企业收取加工费的加工贸易，进口原材料的所有权和收益权属于外商。
加工贸易深加工结转是一种商品销售行为，特点就是加工贸易货物的所有权的转移，由转出方转移到转入方。而从事来料加工贸易企业只是受外方委托，对外方提供的料件进行加工、装配，并不拥有货物的所有权，也就无权处置销售加工贸易货物。即使基于外方的委托下，销售(深加工结转)加工贸易货物的行为，也符合《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条第二款的“销售代销货物”规定，应当缴纳增值税。
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