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（一)加工贸易深加工结转的相关政策之间存在冲突
国办发[1999]35号文件《国务院办公厅转发国家经贸委等部门<关于进一步完善加工贸易银行保证金台帐制度意见>的通知》规定，海关对企业的深加工转出或转入视为形式出口或进口，办理结转和核销手续，实行保税监管。‘中华人民共和国海关法》对加工贸易深加工结转的是否采取保税政策并未明确，只是在第三十二条第二款规定：保税货物的转让、转移以及进出保税场所，应当向海关办理有关手续，接受海关监管和查验。
而根据2009年1月1日开始实施的‘中华人民共和国增值税暂行条例》第一条规定：在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人。为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。财政部、国家税务总局下发的《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三条对销售行为进行了释义，销售行为是指有偿转让货物的所有权。
据上所述，加工贸易深加工结转应该属于‘中华人民共和国增值税暂行条例》中的销售行为，原因有三：一是在中国境内发生加工贸易货物结转行为；二是有偿结转加工贸易货物；三是加工贸易货物的所有权发生转移，转入企业可以自主的处置加工贸易货物，包括加工后内销或者复出口。
按照《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，应该对加工贸易深加工结转行为征收增值税。而根据国办发[1999]35号文件规定，加工贸易深加工结转可以实行保税制度，免征增值税。由此可见，国务院办公厅文件与现行法律存在冲突。
(二)海关对加工贸易深加工结转难以实施有效监管
现阶段，海关对加工贸易深加工结转的监管主要是依靠企业申报和通过对申报单证进行审核实现的。由于加T贸易结转货物的物流同国内普通货物的物流一样，不需要海关加施封志，不使用海关监管的车辆，不进海关监管场所，所以海关对加工贸易深加工结转实际货物进行监控存在一定的困难。
走私企业利用海关对加工贸易结转货物难以监管的缺陷，实施“假结转、真内销”的走私行为。走私仓业通过办理深加工结转手续，核销加工贸易手册，并将加T贸易货物内销牟利，偷逃国家税款。而转入企业则通过以次充好等方式将一般贸易出口货物伪报成加工贸易货物出口，并核销其承接手册。特别是部分出口退税率低或者取消出口退税的商品，存在假结转情况的风险更高。
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