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对加工贸易深加工结转的税务处理，税务总局目前没有出台统一的税收政策，税务机关和海关之间缺乏协调，以前的相关文件国税发[1992]146号、国税发[1994]239号都被国税发[2006]62号宣布废止。因此，目前的具体操作还是以当地税务机关的要求为主。一般的处理办法是：
深加工结转环节不予征收增值税，也不办理退税，转出企业开具出口发票，转入企业报关转入的半成品免于征税。 优博咨询
因此，深加工结转业务主要影响进料加工企业，按照目前的政策，进料加工企业出口货物实行免抵退税管理，国内采购原材料发生的进项可以退税。但采用深加工结转之后，这部分进项不能办理退税，要转入成本，对国内采购比例比较大的进料加工企业来说，采用深加工结转业务税负增加。对转入企业来说，同国外进口保税材料一样，税收方面没有影响。
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