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除享受保税区免征关税和进口环节税、海关监管等方面的政策外，还叠加了出口加工区的政策，即实现国内货物入区视同出口，办理报关手续，实行退税。从而改变了保税区现行的“货物实行离境方可退税”的方式，大大降低了企业的运营成本。区内享受“境内关外”的待遇，货物在区内可以自由流通，不征增值税和消费税。此外，区港联动区域实行封闭管理，参照出口加工区的标准建设隔离设施，专门发展仓储和物流产业，区内不得开展加工贸易业务。
一、政策优势
保税物流园区内除继续执行现有的保税区政策外，还享受以下三条配套政策：
1、对进入保税物流园区的国内货物实行进区退税。比照出口加工区，对从区外进入保税物流园区内的国内货物实行进区退税。若进入保税物流园区内的国内货物重新回到区外，应严格按照货物的实际状态办理货物的进口手续,改变了保税区现行的离境退税方式，降低了企业运营成本。
2、给予区内企业在税费政策和市场准入方面的国民待遇。区内企业无论什么性质，都享受统一的税费政策和市场准入待遇。取消现行对国内企业征收监管手续费的政策；取消对区内企业在货代、船代和外贸经营权等多种领域方面的限制。
3、适度放宽外汇管理。货物在保税物流园区与境外之间流动，区内企业无需办理出口收汇和进口付汇核销手续；货物在保税物流园区与境内之间流动，由区外企业按照规定办理出口收汇和进口付汇核销手续；区内企业办理进出口收付汇核销后，与区外企业（无进出口经营权）结算以人民币计价。
二、功能提升
根据“一线放开、二线管住、区内宽松”的区域管理理念，可以充分发展“区港一体”的优势，进一步完善货物配载、货物中转与仓储、国内外货物代理、多式联运、物流信息管理的功能；进一步完善进出口贸易、报送、通关、货物装卸、保税仓储、分拨配送等服务功能。中转集装箱在保税物流园区可以进行拆、拼箱，改变中转集装箱在港区内只能整箱进出的现状，集装箱在保税物流园区堆存无时间限制，改变集装箱在港区只有十四天报关期限的现状。
三、通关便捷
通过实施“区域管理封闭化、海关管理智能化、园区管理信息化、海关通关快捷化”等措施，一次申报，一次查验、一次放行，园区和港区之间开辟海运直通式通关通道，设立自动判别体系，自动生存管理数据，实现EDI无纸报关，直通式卡口实货放行。特别是对园区同保税区、出口加工区、保税仓库之间的保税货物结转可实行“分批出区、集中报关”的快捷通关手续，大大提高了通关效率。
四、监管
采用高科技手段，设置先进的海关监管设施和完备的企业电子帐册管理系统，既保证了海关对园区的严密监管，又使货物能够快速流通。
五、体制创新
海关、检验检疫、边检等监管单位，在园区试行“一站式”申报，并与邻近港口的监管单位紧密配合，减少通关环节，提高通关效率和降低商务成本
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